元朝

云南内地设府、州、县，实行以官为主的统治，在边远地区则建立宣司、宣抚司、安抚司、长官司、“御夷”府州等，全由土司辖。矿冶业迅速发展，银、铜的产量居全国第一。[12][17]

明朝建立后，明朝先后五次派遣使者滇劝降，两次使臣被杀，劝降无果。洪武十四年1381年8月，朱元璋发布征云南诏令，命傅友德为征南将军、蓝玉为征南左副将军、沐英为征南右副将军。9月，自南京发，兵分两路，从北、东两个方向大举向云南。洪武十五年正月，昆明城被攻破，洪武十五年闰二月，大理城被攻破。至此，云南全境基本平定。[17]

元明时期

明朝

1253年，忽必烈率大军乘革渡金沙云南，灭大理国，1260年，设“大理国总”。1276年，忽必烈选派赛典赤·赡思丁来云南建立云南行省，任赛典赤为“云南行中书省平章政事”，省会中庆路昆明，清查，编定赋役，自此昆明取代大理成为云南的政治中心，云南完全纳了元朝的统一治理范围，“云南”一名便正式作为行省一级的机构现在历史上。[12]此后元朝封也先贴木儿为云南王，1290年封皇孙甘麻剌为梁王，云南王镇大理，梁王辖全省，云南实际上存着行省与诸王府两政权。

明代云南西南的“白夷”傣族贵族思发、思任发、思机发数次积聚力量，试图建立“麓川王国”，与明朝抗衡。明朝分别于1441年、1443年、1448年发动了征伐麓川的军事行动。嘉靖年间1522－1566，缅甸吾王朝对云南西边疆的侵略活动愈演愈烈，侵占了滇西大片土司地方，并犯姚关。1583年，明朝廷命邓龙等率军前往云南抵抗。在今施甸姚关地区打败缅军，阻止了其一步的侵犯。后十余年，明朝军队与吾军队长期征战于陇川、猛卯、猛密、蛮莫、孟养之间。[20]

879年，郑买嗣杀南诏王建大长和。光化四年901年，郑买嗣夺位，自立为王，改国号大长和。后唐天成三年928年，杨贞建大义宁。后晋天福二年937年，段思平联络三十七灭大义宁国，建立大理国政权。大理国政权基本上承袭了南诏以来的疆界，行政区划设有八府、四郡、三十七，实行封建农制专政。大理国政权在云南的统治基本与中原的宋朝相始终。大理王向宋朝称臣纳贡，其首领先后被宋朝封为云南八国郡王、大理王等，并成为南宋王朝抵御蒙古贵族西战线的助手。大理国政权始终保持着对宋王朝的臣属关系。

蒙古、回回移民滇，即将制炮术、采矿术、医药、天文历法等一些先知识随同带。[16]伊斯兰教在云南空前发展时期。回回人亦与当地人行通婚和合。[12]元代以前迁云南的汉族移民，主要聚居在郡县治地。[15]

明初开始，随着中央政权统治的，迁的人源源不断，除少数偏远的民族聚居区外，“夷化”过程基本中断。云南的汉族以聚居的形式分布于各重要地区，并在与当地各族的来往中发挥主作用和影响，经相互合而形成有鲜明地方特的云南汉族群，[16]“夷人”汉族移民相互依存、相互、相互帮助、相互合为形成“云南人”。

明朝政府调整了对云南的理方案，大量撤县并州[18]，洪武十五年1382年建立了承宣布政使司、提刑察使司，实施了“土并治”，“移民实滇，开发生产”[19]，平滇军队、戍边屯垦卫所军卒及其家属大多落籍云南。[13]洪武中期，明朝行了大规模调军云南，屯听征、组建卫所、屯田镇戍的军事移民活动。。明代初年，云南有59576，到万历初年已增至471048，其中军总计335426。[14]

明末，以李定国为代表的大西军，曾拥护亡皇帝永历帝以昆明为据地为抗击清军。

南诏建立后，大规模移民，把20余万白蛮迁至永昌地区，把乌蛮自山林谷迁至西爨故地。[12]

元王朝在云南行省之下设置路、府、州、县等各级行政机构。除“蛮夷”聚居的地区实行土官制度宣司、宣抚司、土知州等而外，基本上实行和内地一样的行政区划和政治制度。至元二十年1283年，开始在云南建立军事屯田，军事屯田的任务主要由蒙古、目、契丹等民族组成的军队承担。[14]

，僭国号曰大蒙。

主词条：三征麓川

唐朝对南诏占据爨地十分不满，双方发生争执与冲突。唐朝调动大军先后在泸南和西洱河地区对南诏发动了两次大的征讨，结果惨遭失败。贞元十年794年，唐朝与南诏在苍山结盟，南诏背弃吐蕃回归唐朝。唐朝以南诏为“云南安抚使司”，由剑南西川节度使兼任“云南安抚使”。[14]